乙型肝炎有三个抗原抗体系统，即乙型肝炎表面抗原抗体系统，核心抗原抗体系统及e抗原抗体系统．
　　１.　表面抗原抗体系统（ＨＢsAg--抗ＨＢs系统）　
　　人感染乙型肝炎病毒后，血循环中可出现与乙型肝炎病毒有关的三种不同形态的颗粒：小球型颗粒，管型颗粒及大球形颗粒．前两种颗粒及后一种颗粒的外壳所含的抗原成分为乙型肝炎表面抗原．大部分人在感染后４～６周，出现临床症状及转氨酶升高前２～８周血循环中就开始出现表面抗原，当转氨酶开始异常，临床症状出现时，表面抗原水平达高峰．在大多数情况下，表面抗原仅短时间的存在，但亦有５～１０％甚至更多的人呈慢性表面抗原血症，这些人或者是成为迁延性或慢性肝炎，或者是成为慢性携带者，除临床型感染外，亦有相当多的亚临床型感染存在．因此，乙型肝炎表面抗原是乙型肝炎病毒感染的指标，但不是乙型肝炎病人临床诊断的唯一依据，对表面抗原阳性者应根据其临床症状，体征及肝功能测定综合判断其感染的类型．
　　乙型肝炎表面抗原可刺激机体产生乙型肝炎表面抗体，该抗体可在血循环中存在多年，是有效的中和抗体，它的出现标志着乙型肝炎感染的恢复和对再感染的免疫力不同地区的人群中表面抗体率与乙型肝炎在当地流行的严重程度有关，并随着年龄增　加而升高．
　　２．核心抗原抗体系统（ＨＢcAg--抗HBc系统）大球形颗粒的核心所具有抗原成份称为乙型肝炎核心抗原，核心表面被含有表面抗原的外壳包裹，故在血循环中一般并不能测到游离的核心抗原，但可测到对应的核心抗体．核心抗体在整个急性期持续存在，恢复期后逐渐下降，在慢性乙型肝炎及表面抗原携带者中，亦以高滴度存在．该抗体是乙型肝炎病毒在赶细胞中增殖时刺激机体产生的一种抗体，它并不是病毒的中和抗体，但可作为乙型肝炎病毒感染的一个指标．在病人处于恢复期早期，表面抗原已消失，表面抗体尚未产生的情况下，此抗体则是唯一的感染标志．
　　３．e抗原抗体系统（ＨＢeAg--抗HBe系统）e抗原的本质目前尚不是十分清楚感染后e抗原与表面抗原同时或稍晚一些时候在血循环中出现．一般情况下该抗原仅暂时性的存在，e抗原消失后出现e抗体，只有那些后来发展为慢性肝炎的人e抗原才更可能持续存在下去，故一般认为急性期e抗原的持续存是肝炎慢性化预后的指标e抗原阳性时血清中传染性的病毒颗粒多，e抗体阳性者则相反．因此e抗原及e抗体又可做为表面抗原阳性血液传染性大小的一个指标，偶然输入或注入e抗原阳性血液比e抗体阳性血液可在受血者中引起更多的乙型肝炎．e抗原阳性母亲比e抗体阳性母亲更容易引起乙型肝炎的母婴传播．