甲肝病毒主要存在于甲型肝炎患者或隐匿性感染者的粪便中，排毒或长至2～3周，在潜伏期末和发病初期大量排毒。因此，甲型肝炎潜伏期后期及黄疸出现前数日传染性最强。当黄疸高峰后逐渐消退时，病情好转，传染性亦减弱。一般黄疸出现后两周，虽部分患者粪便中仍可极出病毒颗粒，但实际传染性明显下降；黄疸出现后3周时，患者粪便中已很难找到甲肝病毒，此时基本上无传染性。近年有人认为，急性甲型、乙型肝炎患者同住一室，对其出院的乙型肝炎患者进行随访观察，未发现交叉感染甲型肝炎的现象。